กิจกรรมโรงเรียนวิถีพุทธของโรงเรียนวัดนาแก้ว เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2555 และได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน โดยโรงเรียนยึดหลักการบริหารจัดการแบบ NAKAEW Model เป็นกรอบแนวคิดในการขับเคลื่อนการพัฒนาคุณภาพการศึกษา ซึ่งมุ่งเน้นการมีส่วนร่วมของผู้บริหาร คณะครู นักเรียน ผู้ปกครอง พระสงฆ์ คณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน และภาคีเครือข่ายในชุมชน ภายใต้ความร่วมมือของ บ้าน–วัด–โรงเรียน (บวร) เพื่อสร้างผู้เรียนให้มีคุณภาพทั้งด้านความรู้ คุณธรรม จริยธรรม และทักษะการดำรงชีวิต

โรงเรียนได้น้อมนำหลักธรรมทางพระพุทธศาสนา โดยเฉพาะ หลักไตรสิกขา (ศีล สมาธิ ปัญญา) และ ศีล 5 มาบูรณาการในการบริหารจัดการ การจัดการเรียนรู้ และการจัดกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนอย่างเป็นระบบ ผ่านกิจวัตรประจำวันและกิจกรรมสำคัญของโรงเรียน เช่น การสวดมนต์ไหว้พระ นั่งสมาธิ กิจกรรมห้องเรียนคุณธรรม กิจกรรมวันสำคัญทางพระพุทธศาสนา จิตอาสา การบำเพ็ญประโยชน์ การดำเนินงานโรงเรียนสีขาว และระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน เพื่อปลูกฝังให้นักเรียนเป็นผู้มีคุณธรรม มีวินัย มีจิตสาธารณะ รู้จักคิดวิเคราะห์ และสามารถอยู่ร่วมกับผู้อื่นได้อย่างมีความสุข

จากการดำเนินงานอย่างต่อเนื่อง โรงเรียนได้กำหนด อัตลักษณ์ของสถานศึกษา คือ "ยิ้มใส ไหว้สวย"ซึ่งสะท้อนถึงการปลูกฝังให้นักเรียนมีอัธยาศัยดี มีสัมมาคารวะตามวิถีวัฒนธรรมไทย มีจิตใจเมตตา เอื้อเฟื้อเผื่อแผ่ และพร้อมช่วยเหลือผู้อื่น ขณะเดียวกันได้กำหนด เอกลักษณ์ของโรงเรียน คือ "เรียนรู้ คู่คุณธรรม" เพื่อแสดงถึงการบริหารจัดการศึกษาที่บูรณาการหลักธรรมทางพระพุทธศาสนาเข้ากับนวัตกรรมการจัดการเรียนรู้และการบริหารสถานศึกษาอย่างเป็นรูปธรรม ส่งผลให้เกิดวัฒนธรรมองค์กรที่ยึดมั่นในคุณธรรม ความรับผิดชอบ ความปลอดภัย และการอยู่ร่วมกันอย่างสันติ

การขับเคลื่อนโรงเรียนวิถีพุทธดังกล่าว จึงเป็นรากฐานสำคัญในการสร้างผู้เรียนให้เป็น "คนดี มีปัญญา มีความสุข" ตามเจตนารมณ์ของการจัดการศึกษา พร้อมทั้งส่งเสริมให้สถานศึกษาเป็นชุมชนแห่งการเรียนรู้ที่อบอุ่น ปลอดภัย และมีคุณธรรม อันนำไปสู่การพัฒนาคุณภาพการศึกษาอย่างยั่งยืนและสอดคล้องกับเป้าหมายของโรงเรียนวิถีพุทธในศตวรรษที่ 21